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刘敏平安业务总监 百迈客产品总监刘敏专访:布局三代,坚信三代 ONT 将颠覆传统

来源:[db:出处] 2021年12月10日 19:45   作者:fashion 刘敏平安业务总监 科研 基因

「谢谢你们的云讲堂,学到了许多生信常识和剖析办法。」「4 年迈用户,现场体会三代测序产品......」在刚刚完毕的 2018 年 CSCO 现场,生物科技企业百迈客(北京百迈客生物科技有限公司)的展台前,不时迎来来自全国各地的「老朋友」。

作为一家深耕生物科技立异的企业,百迈客在国内具有巨大的专业用户群和开发者用户群。2018 年 CSCO 会议期间,丁香园与百迈客公司产品总监刘敏,就公司展开进程、事务布局要点以及科研解决方案等一系列论题进行了访谈。

据刘敏总监介绍,百迈客公司创立于 2009 年 5 月,自建立以来,公司努力于「打造生物科技立异中心,建立生物工业标志企业」的展开愿景,行将步入第十个年头。

三条跑道并行  要点重视医学科研 

丁香园了解到,根据高通量基因测序技能和生物信息技能,百迈客现在供给包含科研效劳、医学基因检测和生物云渠道三大事务版块的效劳;其间,以科研效劳为首要事务。

科研事务又分为医学科研和农学科研,数据显现,百迈客近年的科研事务展开迅速,简直每年增速均高于商场均匀增速;其间,农学科研范畴特别占有了较高的商场份额。2016 年 8 月、9 月,别离由中国农业科学院蔬菜花卉研讨所和浙江大学蔬菜研讨所联合百迈客攻关的芸薹属科研成果连登《Nature Genetics》,2018 年 7 月,由中山大学中山眼科中心眼科学国家要点实验室、中山大学中山医学院广东省脑功用与疾病要点实验室和第三军医大学西南眼科医院与北京百迈客协作的多组学研讨文章宣告在《Nature Communications》,展示了公司在推动产学研一体化进程中的实力。

生物样本和数据自身具有相当大的商场价值,而数据发掘正是百迈客的强项。刘敏指出,科研用户的需求日益多样化、个性化、不断迭代,停留在规范剖析的维度无法充沛满意用户的需求。结合百迈客数万个项目经历,总结、提炼出规则和办法,并与云核算相结合,放到生物云渠道上,能够协助终端研讨作业者进行自主可视化、交互式、一键式的基因大数据剖析。

关于医学科研范畴,百迈客也将要点布局,希望借此成为未来商场的一个新的增长点。「举个比如或许更好了解,科研作业者在项目研讨进程中提出一万个问题,那么在进行个性化剖析后,会发现实在问题量并没有一万个,或许其间只要 500 个非冗余的有用问题。或许经剖析发现,前 50 个问题呈现频次特别高,那么就能够依照频率凹凸,归纳有共性的高频问题,往云上输出整合好的通用解决方案。」刘敏介绍到。

据了解,现在,百迈客生物云渠道已有 100 余款剖析小东西,包括基因剖析、遗传进化、ncRNA、质控、拼装、比对、数据提取等许多功用,基本上能够掩盖 70%~80% 的用户剖析需求。一起,它还具有整合、存储和办理基因大数据的功用,支撑与业界同行展开安全、无缝的科研协作。

「为科研作业者效劳,咱们是仔细的。」5 月底,作为国内仅有一家被约请的基因科技公司,百迈客董事长郑洪坤获邀参与中国科学院、中国工程院院士大会,他用这句话表达了团队、公司的初心。

作科研作业者的智囊团,也是学生时代刘敏的心之神往。作为一名科研作业者,他深知路途中的艰苦,假如某种东西能带来功率前进、本钱下降、数据的安全性和合规性,这些都有很大助力。2012 年,刚从西北农林科技大学毕业的刘敏,参加了其时刚建立三年的百迈客;「想找一个好的渠道,做点实践事儿;没想到这一干就是六年。」六年的时间里,刘敏与公司共生长,从研制做起,到全面担任高通量基因测序相关产品的开发与优化晋级作业;从研制工程师到科技效劳事业部总监,不变的是为科研作业者效劳的坚持。

不断精进  与 Oxford Nanopore 达到战略协作

就在刚刚曩昔的 8 月,百迈客与规划并出售全球仅有便携式 DNA / RNA 测序仪的英国牛津纳米孔科技公司达到战略协作。8 月 7 日,Oxford Nanopore 产品中通量最高的 PromethION(下文简称 ONP)渠道抵达北京百迈客测序实验室。

截止现在,百迈客已具有 Oxford Nanopore 的 MinION、GridION X5 和 PromethION 全套 Nanopore 测序仪,出资金额超 3 千万公民币。比较其他测序技能渠道,ONP 不仅在规划上具有了实时、长读长、直接测序等特色;在 2018 年头,单张 ONP 测序芯片的数据产出超越 150 Gb。而实践上,运用临床样本、植物样本以及测验样本的用户也能够取得单张芯片 100 Gb 的产出,鉴于此,百迈客将根据该渠道为客户供给商业测序效劳。

「十分看好 ONP 的未来潜力,未来它乃至有或许推翻传统的二代测序渠道。」谈及这次协作,刘敏给出了本年即布局 ONP 的理由。「咱们是上一年就开端触摸 Oxford Nanopore 的,其时引入了第一代渠道,经过长时间调查和运用,发现它的优势比较显着,首要体现在测序的实时性(周期短),不需求扩增;此外长度和通量本钱也十分可观,根据咱们现在的产值,一台大型的仪器能做到十万人的测序。」

丁香园了解到,从上游来说,提取 DNA 后,ONP 能一次性地把一切 DNA 信息及其甲基化等表观信息悉数实时测序剖析出来,并且本钱大概是之前的十分之一;关于下流来说,许多杂乱的疾病或许由一些大的结构变异导致,传统测序很难检测这种大的结构变异,而 ONP 能够很好的完成。由于这个渠道的呈现,为科研作业者带来更多的研讨或许,他们能够在本钱相对低的情况下,能掩盖许多之前研讨所触及不到的盲区。

关于职业的深化了解、关于科研作业者痛点的切身体会,让百迈客团队一向保持着灵敏的嗅觉和前瞻性。「说斥巨资引入 Nanopore 全测序渠道并不为过,未来或许还会有相似的动作,用户的需求日益更新,咱们也需求不断精进。」刘敏通知丁香园。

继续前进的企业展开观、在职业中的不俗体现,也让百迈客取得了资本商场的喜爱——2014 年,取得由中国科学院控股有限公司(简称国科控股)作为柱石出资人建议的国科嘉和基金数千万出资;2017 年 10 月,腾讯云宣告与百迈客战略协作,敞开腾讯云核算、存储、人工智能等各项 IT 才能,助力生物基因职业展开。

多组学研讨  努力供给强有力的技能支撑与解决方案

不断展开的生命科学显现,生命比幻想中杂乱。即使科学家们现已根据单一组学的疾病研讨,揭开了一些致病因子的面纱,但疾病的发作展开依然是一个杂乱的进程和,许多要素影响生命体征的改动。跟着测序技能和剖析办法的完善,多组学的办法逐步取得重视。

刘敏介绍到,在多组学研讨解决方案上,百迈客从建立至今,在功用基因发掘方面进行了许多研讨。从前期做简化基因组测序,到后期的公司规划做基因组、做表观、做转录、做蛋白代谢、做下流符号的验证和后期的转基因生物组成验证,构建了整个完善的科学研讨系统。从最早的基因组到基因三维构象,从空间构象到表观润饰,从农学到医学,从假设到验证,百迈客都竭尽全力地为研讨人员供给强有力的技能支撑。

「多组学研讨其实是经过不同维度,来研讨疾病的发作展开,将机理研讨地更为透彻。基因或表观润饰发作了改动,才影响下流蛋白的表达改动,终究影响代谢。」 刘敏称,未来,某些疾病或将或许从基因维度进行前期新生儿检测,或许提早检测蛋白表达水平。别的,一旦疾病发作,经过研讨代谢产品的改变,找到相关基因,倒推疾病类型并辅导个性化药物医治。不仅如此,结合大数据,将疾病发作机制研讨得更为透彻,也能够协助咱们去对疾病进行筛查和监控,乃至是在未来规划开发靶标药物。

九年以来,百迈客一向秉承「生物科技立异效劳社会、谋福公民」的企业任务,继续为科研作业者们供给优质的基因科技效劳,各种生物科研项目硕果累累。而在行将到来的第十年,信任百迈客将交给愈加光辉的答卷,让咱们拭目而待。

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